Хирургический этап трансформации из мужчины в женщину включает в себя несколько операций - вагинопластику, маммопластику, феминизацию лица, липосакцию, липофилинг и другие разнообразные корригирующие эстетические операции.

На сегодняшний день разработано несколько принципиально разных вариантов реконструкции как женских половых органов в общем, так и влагалища в частности: 1) Формирование влагалища из фрагмента сигмовидной кишки – кольпосигмопоэз; 2) Формирование влагалища из участка париетальной брюшины малого таза – брюшинный кольпопоэз; 3) Формирование влагалища из тканей мошонки; 4) Формирование влагалища из тканей полового члена – метод пенальной инверсии; 5) Формирование влагалища с помощью ротационных кожно-жировых лоскутов паховой, бедренной и ягодичных областей. 6) Формирование влагалища из полнослойных или расщепленных кожных аутотрансплантатов. Первые два метода наиболее часто применяются при нарушении развития только женских половых органов, а следующие три обычно являются методами выбора при нарушении половой самоидентификации и смены мужского пола на женский. Выбор метода зависит от патологии, присутствующей у пациента (это также определяет наличие или отсутствие пластического материала для реконструкции влагалища), от умений, опыта и технической оснащенности хирургов.